Slechts een jaar nadat Spanje Puerto Rico zelfbestuur verleende, hijsen Amerikaanse troepen de Amerikaanse vlag boven de Caribische natie, waarmee ze het gezag van de VS over de miljoen inwoners van het eiland formaliseerden.
In juli 1898, tegen het einde van de Spaans-Amerikaanse oorlog, lanceerden Amerikaanse troepen een invasie van Puerto Rico, dat een van de twee belangrijkste bezittingen van Spanje in het Caribisch gebied was. Met weinig weerstand en slechts zeven Amerikaanse doden, konden Amerikaanse troepen het eiland medio augustus veiligstellen.
Na de ondertekening van een wapenstilstand met Spanje werd het eiland op 18 oktober overgedragen aan de Amerikaanse troepen.
De Amerikaanse generaal John R. Brooke werd militair gouverneur. In december werd het Verdrag van Parijs ondertekend, waarmee de Spaans-Amerikaanse oorlog werd beëindigd en de overdracht van Puerto Rico aan de Verenigde Staten officieel werd goedgekeurd.